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L'origine du Mérens est très ancienne, il se dit communément qu'elle « se perd dans la nuit des temps ». Ce cheval est autochtone à la haute vallée de l'Ariège, près de l'Andorre. D'après les ouvrages grand public, l'ancêtre direct du Mérens gagne cette vallée pendant le quaternaire, il y a 15 000 ans. Cet animal sauvage adapté au climat froid se déplace peut-être vers les montagnes pour échapper au réchauffement climatique qui accompagne la fin de la dernière période glaciaire. La théorie du Dr vétérinaire Paul Prunet évoque un « cheval aryen » issu de la deuxième migration américaine, vers 60 000 ans avant notre ère.

La morphologie du Mérens est le résultat du rude milieu montagnard où il vit, elle rappelle beaucoup celle des chevaux magdaléniens peints et gravés sur les parois de la grotte de Niaux, il y a quelque 13 000 ans, représentant des têtes ou des corps d'animaux avec un pelage dense adapté aux climats froids, un crâne de forme mérengaise, une « barbe » caractéristique sous les joues, et des crins très abondants.

Le Mérens est peut-être d'origine ibérique, comme pour la plupart des races de chevaux des Pyrénées. Il ressemble au Dole Gudbrandsdal, qui est norvégien, au Fell et au Dales, qui sont britanniques, mais contrairement à ce dernier, le Mérens n'a jamais été croisé avec le Frison. Une autre théorie s'appuie sur le profil concave ou rectiligne de ces chevaux, un peu éloigné de celui des chevaux ibériques (qui est convexe), pour affirmer qu'ils descendent des montures de peuplades orientales qui seraient venues s'installer en Ariège. Grâce à l'isolement de sa montagne natale, le Mérens n'a subi que très peu de croisements étrangers, peut-être essentiellement avec des chevaux orientaux. Sa morphologie évoque d'une lointaine parenté avec eux, ses allures relevées et la tête « hispanique » de certains animaux attestent aussi de croisements possibles avec de petits chevaux espagnols noirs, qui lui ressemblent beaucoup. Ses liens possibles avec les poneys britanniques Fell et Dales, qui présentent d'étonnantes ressemblances, restent inconnus.

Le Mérens est domestiqué à partir du néolithique ou de l'âge du bronze, la sélection par l'homme faisant peu à peu évoluer son modèle vers l'actuel.

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